1. نظرًا لأن تبريد وتزييت محمل المضخة المغناطيسية يعتمدان على الوسط الناقل، فمن المحظور تشغيل المضخة بدون حمولة، وفي الوقت نفسه، يجب تجنب التشغيل بدون حمل الناتج عن انقطاع التيار الكهربائي في منتصف العمل ثم إعادة التشغيل مرة أخرى.

2. إذا احتوى الوسط المنقول على جزيئات صلبة، فيجب تصفية مدخل المضخة؛ وإذا احتوى على جزيئات مغناطيسية حديدية، فيجب إضافة مرشح مغناطيسي.

3. يجب أن تكون درجة الحرارة المحيطة بالمضخة أثناء الاستخدام أقل من 40℃، ويجب ألا تتجاوز ارتفاع درجة حرارة المحرك 75℃.

4. يجب أن تكون الوسط المراد نقله ودرجة حرارته ضمن النطاق المسموح به لمواد المضخة. تبلغ درجة حرارة التشغيل لمضخة البلاستيك الهندسي أقل من 100℃، وتبلغ درجة حرارة التشغيل لمضخة المعدن أقل من 100℃، ويجب ألا يتجاوز ضغط الشفط 0.2 ميجا باسكال، ويبلغ أقصى ضغط تشغيلي 1.6 ميجا باسكال، ولا تزيد كثافة السائل عن 1600 كجم/م³، كما يجب ألا تزيد لزوجته عن 30×10⁻⁶ م²/ث، شريطة أن يكون السائل خاليًا من الجزيئات الصلبة والألياف.

5. لنقل الوسط الذي يسهل ترسيبه وبلورته، يجب تنظيف المضخة في الوقت المناسب بعد الاستخدام، ويجب تصريف السائل المتراكم في المضخة.

6. بعد 1000 ساعة من التشغيل العادي، يجب تفكيك المضخة المغناطيسية لفحص تآكل المحامل والحلقة الديناميكية للوجه النهائي، واستبدال الأجزاء المتآكلة التي لا تصلح لإعادة الاستخدام.